1960년 10월 7일 서울치대 3강의실에서 문동선, 김낙희, 강준설, 이재현, 장흥수 들의 발기로 대한치과페리오학회로 창립, 회장에 김낙희 부회장에 장흥수, 이진명을 선출하므로 비롯됐다. 당시는 미8군 치과군의관과의 학술교류가 월례회 형식으로 빈번하였다. 1973년 1월 17일 임원회에서 학회명칭을 대한치주과학회로 개칭했으며 64년 5월에는 경북지부를 66년 11월에 서울지부를 각각 결성하였다.

  1970년대는 학술적인 발전을 도모하여 창립이후 학술집담회, 임상연수회 해외 저명학자초청 특별강연회등으로 회원자질 향상을 기해왔다. 특히 1971년 10월 25일 대한치주과학회지를 창간하여 학술활동의 새로운 장을 열었다. 학회지는 년 1회씩 발간하다가 1988년부터 년 2회 1993년부터 년 3회 1996년부터 년 4회 2007년부터 년 5회로 증보발간하였다.
72년부터 매년 학술대회를 개최해왔는데 80년 10월 27, 28 양일간 서울대병원에서 창립 20주년기념 종합학술대회를 성대하게 개최, 학계의 깊은 관심을 끌기도 했다. 76년도부터 용어제정위원회를 구성, 치주과학용어제정 작업을 벌려 80년 10월 25일 “치주과학용어해설집”발간하고 “치주과학논문연감”도 발행, 치주학발전에 크게 기여했다.

  1980년대에 들어와 교육부문에 괄목할 만한 발전을 가져와 1984년 대한치주과학회 교수협의회가 결성되었고 88년 한글 치주과학교과서가 제작되었다. 또한 80년 10월 20주년 기명학술대회가 서울대학교 강당에서 개최하기도 하였다.

  1990년대는 국제적으로 도약의 기간이었다. 1990년 5월 제 1회 전국치과대학 치주과전공의 학술대회가 개최되어 임상발전의 계기가 되기도 하였다. 1990년 11월 창립30주년 기념학술대회를 쉐라톤 워커힐에서 개최하였고, 1991년 9월 일본치주병학회와 자매결연을 맺어 매년 상호왕복하면서 학술교류를 시작하였고 1995년 5월 처음으로 대한치과의사협회관내 학회사무실을 입주하고 97년 6월 사무실에서 첫 이사회를 개최하였다. 1996년 최초로 차주과학회소식지를 발간하고 1997년 9월 국제치주과학회와 아시아태평양치주과학회를 개최하기도 하였다. 임상적으로는 전국적으로 치주희망의제도를 실시하여 국민진료에 박차를 가하기도 하였으며 당시 치주희망의는 4917명에 달하였다. 1999년 웹싸이트를 만들어 정보화시대에 돌입하기 시작하였다. (www.kaperio.org)

  2000년 11월 창립 40주년 기념학술대회를 필두로 학회 규모가 증가됨에 따라 조직개편이 요구되어 부회장 3인과 다수의 이사를 증가하였고 사회의 변화요구에 따라 2002년 12월에 인정의 제도를 도입하여 인정의 83명과 지도의 42명을 지정하였고 현재 인정의 총 682명과 65명의 지도의가 현역에서 25개소의 교육기관에서 교육하고 있다.
2004년 인턴으로 시작한 전문의제도로 말미암아 2008년 1월 치주전문의 1호가 탄생하게 되었다. 학회사무실을 수도의 중앙인 광화문으로 이전하여 운영하였다.

  창립초창기 36명이던 회원수가 점차 늘어나 2007년 10월 현재 1200명으로 괄목할 만한 증가를 이루었고 늘어났고 회장단산하에 총무, 학술, 국제, 편집, 공보, 보험, 섭외, 수연, 정통, 법제, 자재, 기획이사를 두고 업무에 따라 5인의 간사가 회무를 집행하고 있다.
회원수가 증가되어 광주, 부산, 대구, 중부의 지부가 결성되어 전국적으로 학술활동이 활발하여 현재에 이르게 되었다.